诸葛亮主要害怕不依赖主动技能输出的队伍、高爆发的物理菜刀队，以及能剥夺其被动和指挥战法效果的控制手段。诸葛亮的招牌战法神机妙算，其核心威力在于打断敌人的主动战法并造成反击伤害，但这个机制存在明显的局限性，如果对手的阵容构建主要依靠被动战法、指挥战法或普攻进行输出，例如一些依赖指挥状态增益的阵容，那么诸葛亮的控制效果就会大打折扣，甚至完全无法触发，这就使得他对这类队伍的克制力大大减弱，面对持续而稳定的非主动伤害时，他会显得相当无力。
作为一个典型的智力型武将，诸葛亮的武力属性很低，虽然统帅成长不错，但整体的物理防御能力在面对纯粹的物理爆发队伍时仍然存在短板，特别是那些具备高额兵刃伤害、能快速打出爆发的前几回合队伍，如果这些队伍还拥有速度优势，能在诸葛亮行动前就倾泻大量伤害，那么即便诸葛亮身板较硬，也容易在初期被重创乃至直接击溃。
诸葛亮自身及其队伍的强度，很大程度上依赖于他自带的指挥战法神机妙算以及携带的其他被动、指挥类技能提供的效果，所以他非常惧怕伪报这一类的控制状态，一旦被施加伪报，他的关键战法效果会被完全封禁，瞬间从一个强力的控场核心变成一个属性稍高的白板武将，队伍的防御和反击链条会立刻断裂。
当诸葛亮担任主将时，神机妙算的额外伤害基于智力差计算，这意味着如果遇上智力属性同样很高的法师队伍，或者对方使用了能降低我方智力、偷取属性的战法，诸葛亮的伤害能力就会被严重遏制，无法打出预期的压制效果，从而让他在对攻中落入下风，失去作为主将的战术价值。诸葛亮的神机妙算在准备阶段锁定敌方两人后便不会更改目标，这意味着未被锁定的敌方武将可以相对自由地释放主动战法，而且诸葛亮的速度成长一般，容易被对手先手控制或集火，若队伍中没有为其提供良好保护的其他武将或减伤战法，整个阵容的防守会显得脆弱，容易被对手抓住突破口进行针对性击破。
