运河玩法核心在于沿河进行商业规划与漕运经营，主要围绕杭州府的商栈系统与扬州府的漕运系统展开，这是体验明代运河经济繁荣的重要模块。知府大人可在京杭大运河的杭州段沿岸建造不同类型的商栈，通过交易货物获取收益，此玩法于游戏更新后上线，其设计灵感源于历史上通过运河转运物资、带动沿岸城镇发展的漕运。与此开通并修复扬州府的漕运码头可以疏通大运河，开启独立的漕运玩法，这个系统并非普通的城市码头，而是包含了航线规划与资源收集的新内容。理解这两大构成部分是掌握运河玩法的基础。
深入杭州运河商栈的建造，其关键在于精准摆放与后续升级。在营造栏的居住类目中找到商栈后，必须将其摆放在杭州北面的大运河旁，且建筑右下角的三格区域需要覆盖在运河水面上，以保证船只能够正常装卸货物。除了基础形态，商栈拥有四种升级形态，分别是文化商栈、便民商栈、建材商栈和特产商栈，升级需要对应的特定店铺组合并均提升至四级，例如便民商栈需要成衣店、油店、药铺各两间。升级后的高级商栈不仅能提升自身收益，还能为周围特定范围内的同类收益建筑提供增益效果，类似于其他城市的祝福雕像，但需注意商栈的增益范围不能相互重叠。
扬州漕运则是一套独立的航行与任务系统，其运作依赖于道具司南获得的通航步数来推动漕船在运河航线上移动。司南每日可通过任务获取，使用后会随机得到一定的步数。整个从扬州至天津卫的漕运航线被划分为数个航段，玩家需规划航行路线，停靠沿途码头以触发各类事件。这些事件主要包括给予资源、完成工作或转运物资等类型，完成任务后可获得粟米、玉石、油墨等生产原料，以及用于升级漕运码头的篷布、樟木等特殊材料，还有能在水闸处兑换奖励的连票。高效的路线规划通常遵循远程少程、近程多轮的原则，以优化每次航行的收益。
掌握运河玩法还需注意一些通用操作与细节。例如在进行城市间的码头物资运输时，为了提高效率，建议采取人货分离、少量多运的策略，并预判目标城市所需的资源进行输送。在杭州完成某些特定剧情任务时，如需寻找运河边，其位置通常位于杭州商栈附近的水岸，靠近水边的建筑群旁常会出现任务触发点。漕运中获得的漕运加速票可用于减少事件等待时间，需要注意此类道具若在月底未使用则会失效。
